Полномочия учредителя Агентства возложены на Министерство Российской Федерации по развитию Дальнего Востока. АНО АПИ является одним из основных институтов развития ДФО, которые курирует Минвостокразвития России, и осуществляет свою деятельность в тесной координации с АО «Корпорация развития Дальнего Востока» (управляющая компания территорий опережающего развития и Свободного порта Владивосток), АНО «Агентство Дальнего Востока по привлечению инвестиций и поддержке экспорта».